Motovunski Novaki mjesto je na uzvisini od 333 mnv koje je u 13. stoljeću bilo središte feuda akvilejskih patrijarha, a godine 1330. pripalo je Motovunu i Mletačkoj Republici. Turbulentnu prošlost napisale su česte izmjene vladara, a sukobi s okolnim područjima bili su neminovni. Atraktivno je područje bilo naseljeno već u rimsko doba. U 14. stoljeću u njega pristižu hrvatske izbjeglice u bijegu pred vojskom Osmanskog Carstva. Motovunski su Novaki nakon venecijanske vlasti pripali čuvenoj obitelji Polesini koja je ovdje sagradila palaču od koje je ostao sačuvan samo portal.

Župna crkva sv. Marine u Motovunskim Novakima sagrađena je 1879. godine na mjestu starije iz 16. stoljeća.